Masjid Saidina Abu Bakar merupakan pusat utama kerohanian di POLISAS yang berfungsi sebagai tempat ibadah, pusat dakwah, ceramah, tazkirah dan kelas agama. Struktur masjid kini memerlukan penaiktarafan dari aspek ruang solat, sistem audio, pencahayaan, kebersihan dan keselamatan agar keberkesanan program kerohanian dan pembangunan sahsiah tidak terjejas.